在整個細胞周期內都處于凝集狀態的染色質，即永久性的呈現異固縮的染色質被稱為結構性異染色質。結構性異染色質含有高度重復的隨體DNA，分布于大多數染色體的著絲粒區、端粒和次縊痕處，呈現C帶染色。結構性異染色質的DNA主要是高度重復順序,含有的基因相當少。事實上,當一個有活性的基因通過轉座或轉位, 移動到結構性異染色質區, 通常要失去活性, 這種現象稱為位置效應(position effect), 因此認為結構性異染色質區含有抑制鄰近基因表達的成份。