免疫系統對抗原的辨認。是機體的免疫系統發揮免疫功能的極重要前提。在胚胎時期，機體的自身抗原與免疫細胞表面受體接觸后，可使其失活而處于受抑制的狀態；只有那些與自身抗原無受體關系的克隆，才能發展成對非己物質的識別。當某種與自體物質有微小差異的抗原異物進入機體時，免疫系統即可準確無誤地對其識別，并發生免疫應答。另外，免疫效應系統，如免疫活性細胞或抗體，對遇到的抗原是否發生免疫應答，也取決于其識別能力。現代免疫學的雙識別學說認為，當抗原作用于免疫細胞時，要有兩個識別信號出現，免疫應答才會發生。