亦稱二級菌絲、雙核菌絲、復相菌絲。它是擔子菌中由相應的異性的初生菌絲進行體細胞接合而形成的菌絲。其具有分枝狀者稱為次生菌絲體。菌絲細胞為單倍（n）單核的初級菌絲經體細胞接合后，很容易發生核結合。這樣來自雙親的核各自獨立成對地在一個細胞內，隨著菌絲的伸長，同時進行雙核分裂（conjuga-te division），維持雙核體（n n）狀態。這種核狀態，稱為復相核。雙核分裂時多半呈鋦形的形式進行。次生菌絲首先是起營養菌絲作用，然后才形成子實體。在形成的擔子器內進行核融合而成為二倍體（2n）。在子囊菌中一般是次生菌絲不發育。產囊孢產生的產囊菌絲相當于次生菌絲。