螢光顯微鏡是以水銀燈或氙氣燈為光源，搭配具激發濾片(Excitation Filter)，發散濾片(Emition Filter)濾片組的光學儀器。目前使用的螢光顯微鏡，是屬于落射螢光顯微鏡(Epi-Fluorescence Microscopes )，是指激發光的來源和觀察的位置(接目鏡)，皆位于樣品的上方。在生物研究領域，螢光顯微鏡變成一個越來越重要的研究工具，常常會與共聚焦顯微鏡或全內反射螢光顯微鏡合并使用。